در تدوین قانون و در عمل ، به لحاظ ارائه نگرش مطلوب اجرائی ، چگونگی محاسبه و اجرای مالیات بر ارزش افزوده بر اساس استانداردهای حسابداری و با تکیه بر روش صورتحساب (روش تفریقی غیر مستقیم ) ارائه می گردد . در عمل هر مؤدی مالیات بر ارزش افزوده کافی است عملیات زیر را انجام دهد:
۱- در هنگام خرید کالا ها و ماشین آلات و یا دریافت خدمات :
علاوه بربهای مواد اولیه ، حاصلضرب نرخ مالیات بر ارزش افزوده در بهای کالای خریداری شده را به فروشنده بپردازد. (این وجه پرداختی اعتبار مالیاتی مؤدی و در واقع طلب او از سازمان امور مالیاتی محسوب می گردد).
۲- در هنگام فروش محصولات و یا ارائه خدمات :
علاوه بر بهای محصول ، حاصلضرب نرخ مالیات بر ارزش افزوده در بهای کالای فروش رفته را از خریدار کالا یا دریافت کننده خدمات اخذ می کند.( این مبلغ که اضافه برقیمت کالا از خریدار دریافت می گردد بدهی فروشنده به سازمان امور مالیاتی محسوب می گردد)
۳- در پایان هر دوره مالیاتی مالیات بر ارزش افزوده: (دوره های سه ماهه یا فصلی) :
مابه التفاوت مبلغ مالیات بر ارزش افزوده پرداختی در زمان انجام خریدها با مبلغ مالیات بر ارزش افزوده اخذ شده در زمان فروش محصولات را به سازمان امور مالیاتی کشور می پردازد. به این ترتیب کل مالیات بر ارزش افزوده پرداختی در زمان انجام خریدها به مردی بازگردانده می شود وحتی اگر مالیات بر ارزش افزوده پرداختی بابت خریدهای مردی بیشتر از دریافتی بابت فروش باشد ، مؤدی می تواند درخواست استرداد اضافه پرداختی مالیات بر ارزش افزوده را از سازمان امور مالیاتی بنماید ( صرف نظر از اینکه ممکن است حتی مثلا ً مواد اولیه در دوره های بعد مورد استفاده واحد تولیدی قرار گیرد) .
نکات مهم :
۱- چنین نیست که در هر خرید وفروش مجبور باشید بلافاصله مالیات بر ارزش افزوده آن را به سازمان امور مالیاتی پرداخت کنید بلکه این عمل هر سه ماه یک بار طی یک اظهارنامه مالیاتی برای خرید وفروشها به صورت یکجا انجام می شود وسازمان امور مالیاتی تنها در صورت لزوم فاکتورهای خرید وفروش را کنترل می کند .
۲- ماخذ مالیات بر ارزش افزوده دربحث واردات عبارت است از قیمت سیف کالا باضافه حقوق وعوارض گمرکی . بر این اساس مالیات بر ارزش افزوده پرداختی توسط وارد کننده به گمرک عبارت است از قیمت سیف کالا باضافه حقوق وعوارض گمرکی ضربدر نرخ مالیات بر ارزش افزوده.
۳- فرآیند تسلیم اظهارنامه و پرداخت بدهی مالیاتی یا طلب مالیاتی مؤدیان مالیاتی ، سه ماهه (فصلی) بوده و هرسه ماه یکبار با مراجعه به دفاتر خرید وفروش ودفاتر معین صورت می پذیرد.
۴- در اجرای نظام مالیات بر ارزش افزوده مؤدیان مالیاتی با چندین فرم در ارتباط خواهند بود که مهمترین آنها عبارتند از : صورتحساب خرید ، صورتحساب فروش ، دفتر خرید ، دفتر فروش واظهارنامه مالیاتی. ( بدیهی است که در هنگام تنظیم هریک از فرم های مذکور مشخصات خریدار وفروشنده ومشخصات کالا یا خدمات وسایر موارد مندرج در فرم ها، با دقت هرچه بیشتر تکمیل گردد.)
۵- ثبت نام مؤدیان مالیاتی( به موجب ماده ۱۸): مؤدیان مکلفند به ترتیبی که سازمان امور مالیاتی کشور تعیین و اعلام می‌نماید نسبت به ارائه اطلاعات درخواستی سازمان مذکور و تکمیل فرمهای مربوطه اقدام و ثبت نام نمایند.
۶- صدور صورتحساب( بموجب ماده ۱۹)- مؤدیان مکلفند در قبال عرضه کالا یا خدمات موضوع این قانون، صورتحسابی با رعایت قانون نظام صنفی و حاوی مشخصات متعاملین و مورد معامله به ترتیبی که توسط سازمان امور مالیاتی کشور تعیین و اعلام می‌شود، صادر و مالیات متعلق را در ستون مخصوص درج و وصول نمایند. در مواردی که از ماشینهای فروش استفاده می‌شود، نوار ماشین جایگزین صورتحساب خواهدشد
۷- تسلیم اظهارنامه مالیاتی ( بموجب ماده ۲۱ ) مؤدیان مالیاتی مکلفند، اظهارنامه هر دوره مالیاتی را طبق نمونه و دستورالعملی که توسط سازمان امور مالیاتی کشور تعیین و اعلام می‌شود، حداکثر ظرف پانزده روز از تاریخ انقضاء هردوره، به ترتیب مقرر تسلیم و مالیات متعلق به دوره را پس از کسر مالیاتهایی که طبق مقررات این قانون پرداخت کرده‌اند و قابل کسر می‌باشد، در مهلت مقرر مذکور به حسابی که توسط وزارت امور اقتصادی و دارایی (خزانه‌داری کل کشور) تعیین و توسط سازمان امور مالیاتی کشور اعلام می‌گردد، واریز نمایند.
۸-ارائه دفاتر واسناد ومدارک درخواستی به ماموران مالیاتی (بموجب ماده ۲۶ ) : در مواردی که مأموران ذی‌ربط سازمان امور مالیاتی کشور جهت رسیدگی به اظهارنامه یا بررسی میزان معاملات به مؤدیان مراجعه و دفاتر و اسناد مدارک آنان را درخواست نمایند، مؤدیان و خریداران مکلف به ارائه دفاتر و اسناد و مدارک درخواستی حسب مورد می‌باشند و در صورت عدم ارائه دفاتر و اسناد و مدارک موردنیاز، متخلف مشمول جریمه مقرر در ماده (۲۲) این قانون محسوب گردیده و مالیات متعلق به موجب دستورالعملی که سازمان امور مالیاتی کشور تعیین می‌کند، به صورت علی‌الرأس تشخیص داده و مطالبه و وصول خواهدشد.
۹- جرائم عدم انجام تکالیف ویا تخلف از مقررات قانونی (به موجب ماده ۲۲و۲۳) ـ مؤدیان مالیاتی در صورت انجام ندادن تکالیف مقرر در این قانون و یا در صورت تخلف از مقررات این قانون، علاوه بر پرداخت مالیات متعلق و جریمه تأخیر، مشمول جریمه‌ای به شرح زیر خواهندبود:
۱ـ عدم ثبت نام مؤدیان در مهلت مقرر معادل هفتاد و پنج درصد (۷۵%) مالیات متعلق تا تاریخ ثبت‌نام یا شناسایی حسب مورد؛
۲ـ عدم صدور صورتجلسات معادل یک برابر مالیات متعلق؛
۳ـ عدم درج صحیح قیمت در صورتحساب معادل یک برابر مابه‌التفاوت مالیات متعلق؛
۴ـ عدم درج و تکمیل اطلاعات صورتحساب طبق نمونه اعلام شده معادل بیست و پنج درصد (۲۵%) مالیات متعلق؛
۵ ـ عدم تسلیم اظهارنامه از تاریخ ثبت‌نام یا شناسایی به بعد حسب مورد، معادل پنجاه درصد (۵۰%) مالیات متعلق؛
۶ ـ عدم ارائه دفاتر یا اسناد و مدارک حسب مورد معادل بیست و پنج درصد (۲۵%) مالیات متعلق.
ماده۲۳ـ تأخیر در پرداخت مالیاتهای موضوع این قانون در مواعد مقرر، موجب تعلق جریمه‌ای به میزان دو درصد (۲%) در ماه، نسبت به مالیات پرداخت نشده و مدت تأخیر خواهدبود
۱۰- اعتراض به اوراق مطالبه مالیات در موعد مقرر در قانون مالیات بر ارزش افزوده۰ به موجب ماده ۲۹ ) ماده۲۹ـ در مواردی که اوراق مطالبه مالیات یا برگه استرداد مالیات اضافه پرداختی به مؤدی ابلاغ می‌شود، در صورتی که مؤدی معترض باشد، می‌تواند ظرف بیست روز پس از ابلاغ اوراق یاد شده اعتراض کتبی خود را به اداره امور مالیاتی مربوط برای رفع اختلاف تسلیم نماید و در صورت رفع اختلافات با مسئولان ذی‌ربط، پرونده مختومه می‌گردد. چنانچه مؤدی در مهلت مذکور کتباً اعتراض ننماید، مبالغ مندرج در اوراق مطالبه مالیات و یا برگه استرداد مالیات اضافه پرداختی به استثناء مواردی که اوراق موضوع این ماده ابلاغ قانونی شده باشد، حسب مورد قطعی محسوب می‌گردد. در صورتی که مؤدی ظرف مهلت مقرر در این ماده اعتراض خود را کتباً به اداره امور مالیاتی مربوط تسلیم نماید، ولی رفع اختلاف نشده باشد و همچنین در مواردی که اوراق مذکور ابلاغ قانونی شده‌باشد، پرونده امر ظرف بیست روز از تاریخ دریافت اعتراض یا تاریخ انقضاء مهلت اعتراض در موارد ابلاغ قانونی جهت رسیدگی به هیأت حل اختلاف مالیاتی موضوع قانون مالیاتهای مستقیم احاله می‌شود
۱۱- نگهداری دفاتر و صورتحسابها ( به موجب ماده ۳۴ ) ـ مؤدیان مشمول مالیات موضوع این قانون مکلفند از دفاتر، صورتحسابها و سایر فرمهای مربوط، ماشینهای صندوق و یا سایر وسایل و روشهای نگهداری حساب که سازمان امور مالیاتی کشور تعیین می‌کند، استفاده نمایند. مدارک مذکور باید به مدت ده سال بعد از سال مالی مربوط توسط مؤدیان نگهداری و در صورت مراجعه مأموران مالیاتی به آنان ارائه شود.